A Síndrome de Kartagener está associada a anormalidades ciliares devido a uma alteração estrutural da proteína dineína, o que provoca a perda dos microtúbulos centrais dos cílios, tornando-os imóveis. Estas anormalidades também podem ser observadas no flagelo dos espermatozoides.
Espera-se que uma pessoa com a Síndrome de Kartagener tenha