As enzimas de restrição atuam como tesouras moleculares e são usadas para análises detalhadas do DNA. Cada enzima de restrição é muito específica, reconhecendo determinada sequência curta de DNA, ou sítio de restrição, e cortando ambas as fitas de DNA em pontos precisos dentro do sítio de restrição.
A sequência no DNA dupla-fita mais provável de ser reconhecida como sítio de clivagem para enzimas de restrição é
