Certos protozoários vivem no tubo digestório de cupins, onde auxiliam estes insetos a realizar a quebra das moléculas de celulose da madeira, através da produção da enzima celulase. Estes protozoários também se alimentam de celulose e sobrevivem somente no tubo digestório dos cupins. Em contrapartida, outros protozoários causam sérios danos à nossa saúde, utilizando-se de nosso organismo para seu crescimento, alimentação e reprodução.
As relações ecológicas descritas acima são, respectivamente, as de