De acordo com a Gramática de Usos do Português, de Maria Helena de Moura Neves, nas construções com o conector "mas" admite-se como verdadeira a proposição da qual se vai discordar. Já quando se usa "embora", a proposição de menor peso é imediatamente refutada.
Leia estas frases:
I. Eu não assistia a todas as aulas, mas começava a aprender com elas.
II. Embora eu não assistisse a todas as aulas, começava a aprender com elas.
Ainda que essas frases tenham o mesmo valor de verdade, os efeitos de sentido produzidos mostram a seguinte diferença: