O bioma Amazônia apresenta áreas protegidas, e seus recursos ambientais, incluindo biodiversidade e águas com características naturais relevantes, foram considerados unidades de conservação instituídos pela Lei 9.985/2000, com objetivos de delimitação, conservação, administração e, principalmente, proteção. Esses espaços têm características específicas e são divididos em dois grupos: Unidades de Proteção Integral e Unidades de Uso Sustentável. Assim, podemos dizer que são exemplos respectivos de cada grupo:
