Os diferentes tipos de café que consumimos nem sempre vêm da mesma espécie de planta. Às duas espécies de café mais utilizadas são Coffea canephora e Coffea arabica. A primeira é diploide (2n = 22) e a segunda é tetraploide (2n = 44). Acredita-se que a espécie tetraploide surgiu de um cruzamento natural entre C. canephora e C. eugenioides, ambas diploides, há milhões de anos. De fato, as análises genéticas atuais nos cromossomos de C. arabica detectam os alelos de ambas as origens.
A alteração cromossômica que poderia explicar o surgimento do café da espécie C. arabica é:
